Elektrophorese zur DNA-Analyse


In der  Elektrophorese - hier Gel-Elektrophorese in 1%igem Agarose Gel - wandern geladene, biologische Moleküle im elektrischen Feld.  Hier  wandert die in Protonen und konjugierte Basen  zerfallene DNA vom negativen zum postiven Pol.  Je nach Form und Göße (z.B. nach Anzahl der Basenpaare  (bp) bei DNA-Fragmenten) wandern die kleineren Moleküle, die die Gelporen schneller passieren, schneller als größeren.
Mit AzurB-Chlorid lassen sich die bei der Elektrophorese entstandenen Muster von Banden anfärben.
 

Spur 1 zeigt die Banden der DNA-Fragmente des DNA-MarkersIII, der durch schneiden des DNA-Fadens des Bakteriophagen Lambda (Lambda-DNA) mit dem Restriktionsenzymen Eco RI und Hind III entstanden ist. Den Banden sind jeweils die Basenpaare (bp) der Fragemente zugeordnet.

Spur 2 zeigt die Bande  der ungeschnittenen DNA des Plasmids pBR322 (p=Plasmid, BR = Bolivar und Rodrigues, die 1977 das Plasmid entwickelten,  3 = Plasmid wurde aus drei Teilen (TN3: Ampicillinrestistenz-Gen, pSC101 Region: Tetracyclinresistenz-Gen , pMB1-Region: ori = Ursprung für DNA-Replikation), 20 = in einem Bakterium können bis zu 20 Plasmide kopiert werden,  2 = 2 Gene für Antibioticaresistenzen) 

Spur 3 zeigt die Bande des Restriktionsansatzes: den mit Nhe I einmal aufgeschnittenen Plasmidring von pBR322, die jetzt linear vorliegende DNA. Das Restriktionsenzym NheI wurde aus Neisseria mucosa subspecies heidelbergensis isoliert.

Spur 4 die Bande des Plasmids pBR322 lacZ+, Plasmidring pBR322 mit eingebautem lacZ+-Gen. Die DNA kommt dabei in zwei Konformationszuständen vor:  als Supercoil-Plasmid und als zirkulärer Plasmid. Die verdrillte Supercoilform durchdringt das Gel schneller als die linearisierte und die zirkuläre DNA.



 

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Weitere Auskünfte: Hansjoerg Groenert