4. In jedem Ansatz werden die Stränge chemisch spezifisch in Fragmente gespalten: z.B. hinter Guanin, Adenin+Guanin, Cytosin, Cytosin+Thymin. Pro DNA-Strang soll nur ein Bruch erfolgen.

(Wird z.B. hinter Guanin gespalten, erhält man einen markierten und einen unmarkierten Reststrang.)

5. Die Fragmente werden elektrophoretisch auf einem Gel getrennt (je kleiner das negativ geladene DNA-Fragment, desto schneller wandert es im elektrischen Feld zum +Pol).

6.Auf das Chromatogramm wird ein Röntgenfilm gelegt und

7. nach der Filmentwicklung wird die markierte DNA als schwarze Bande erkannt.

Jede Bande entspricht einer bestimmten Basenanzahl: die Guaninpositionen (3, 7, 11) können hier z.B. abgelesen werden.